อาลีขึ้นชิงแชมป์โลกครั้งแรกกับซอนนี่ ลิสตัน นักมวยจอมโหดผู้เคยผ่านการติดคุกมาแล้ว เมื่อวันที่ 26 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1964 ในการชกครั้งนี้หลายฝ่ายคาดว่าอาลีคงเว็บมวยสดต้องถูกน็อกอย่างแน่ แต่อาลีกลับเป็นฝ่ายที่สามารถชนะน็อกลิสตันได้ และได้ชื่อเสียงมาในเวลาเพียงชั่วข้ามคืน อาลีได้รับหมายเกณฑ์เพื่อเข้าร่วมรบในสงครามเวียดนามเขาถูกจัดให้อยู่ในประเภท A-1 (ดีเยี่ยม) โดยทางการให้สัญญาว่า ตำแหน่งของเขาจะอยู่ห่างจากสมรภูมิหลายร้อยไมล์